據臺灣“中央社”報道，臺當局領導人馬英九9月26日前往臺軍聯合后勤司令部慰問官兵時表示，“海巡署”保護漁民前往釣魚島宣示“主權”，軍隊就是后援，“軍艦、軍機都在待命狀態”。據稱，馬英九還曾親自前往臺海軍雷達站，了解釣魚島海域和空域的情況。
海空軍做好野開火冶準備報道稱，馬英九在與聯合后勤司令部官兵代表會餐時致詞表示，宜蘭漁船于9 月24日下午3時出發，25日清晨5時多到達釣魚島海域，當時臺“海巡署”有12艘艦艇護航，甚至幫漁民開路，讓漁民很順利地進入了釣魚島水域。馬英九強調，“海巡署”背后是軍隊，包括海軍和空軍，它們一方面可向“海巡署”提供最精準的信息，使其掌握釣魚島的海空情勢；另一方面，軍艦、軍機都在待命狀態，“我們絕對不會把軍隊擺到第一線，一定是在第二線”，但軍隊不能不做好準備，萬一有什么狀況發生，能夠在最短的時間內提供援助。
還有臺灣媒體猜測，馬英九近日到三芝海軍雷達站和石門空軍雷達站視察，選擇這兩個地點就是要了解臺軍監控釣魚島海域和空域的狀況。保釣漁船和“海巡署”艦艇順利返航后，臺灣軍方公布了配合此次保釣行動的全部兵力部署。臺灣“國防部”介紹說，在嚴密監控釣魚島周邊情勢的同時，臺海軍派出2艘“濟陽”級巡防艦和1艘“成功”級護衛艦接應，艦隊指揮部還在蘇澳作戰指揮中心開設前沿指揮所統一協調。同時，臺灣空軍也派出F-16和“幻影”-2000戰機共14 架次于北部空域執行戰斗巡邏任務，這些戰斗機隨時可轉飛東部空域支援。此外還有數架戰機在花蓮、新竹基地警戒待命，E-2K預警機共4架次于適當空域警戒，部署在松山機場的S-70C搜救直升機也曾升空待命。
可見，當臺灣漁船和“海巡署”艦艇在釣魚島海域與日本巡邏船“打水仗”時，后方的臺灣海空軍事實上已做好“開火”準備。武力保釣有很大優勢以軍事力量保衛釣魚島，臺灣可能更有優勢。香港《亞洲周刊》此前曾刊發臺灣軍事評論家黃銘俊撰寫的“臺軍釣島被低估的角色”一文。文章認為，一旦圍繞釣魚島問題爆發軍事沖突，臺灣的戰略與戰術位置的優勢更加明顯。臺灣方面對釣魚島附近海域的水文、海流等情況的掌握比大陸更加透徹。針對釣魚島實施戰略或戰術行動，臺灣軍方擁有地利之便。即使情況突然升級，也不會貽誤戰機。目前，臺灣海軍裝備有4艘“基德”級驅逐艦、8艘“佩里”級護衛艦、6艘“拉菲特”級隱形護衛艦、8艘“諾克斯”級護衛艦、12艘“錦江”級導彈艇、31艘“光華六號”導彈艇和4艘潛艇，其中部分軍艦已換裝“雄風”-3型導彈，戰力得到大幅提升。
文章稱，臺軍還可使用即將到貨的美制P-3C反潛機壓制日本潛艇。一旦花蓮基地的F-16戰機和新竹基地的“幻影”-2000戰機參戰，日本航空自衛隊將遭遇“前所未見的對手”。黃銘俊還認為，即便臺軍遭遇日本的猛烈反擊，解放軍也不會坐視“臺灣兄弟”被殲滅。有理由認為，一旦兩岸在釣魚島問題上形成合作或達成默契，日本就不敢動軍事冒險的念頭。
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